所谓的组织管控指的是利用组织设计来实现集团公司管控目标，是在组织设计的过程中考虑集团公司管控的需要并做出相应的安排。集团公司管控不能脱离组织的框架凭空而来，集团公司管控需要合适的组织架构与之相匹配才能臻于完备，否则，有力杀贼无力回天。
二个方面是组织功能管控，也划分为两块：监控功能设置，如何利用组织功能设置来产生监控力量（当然设置专门的审计稽核部门也是一法，不过由于后面的内审管控已经有了详尽的说明阐述，所以这里就不再冗言了）；横向协调设置，如何强化横向协调体系来保障管控的功能。
所谓的战略导向是指，组织管控设计必须以战略为先导，战略是决定组织管控的主要因素。各个业务单元中必须有明晰的远景、目标和价值观，围绕公司的核心竞争力，建立从外部市场客户的需求开始到内部组织结构和价值流转的一条完整的企业动态价值链。
所谓的效率导向是指，组织管控设计要将效率作为关注的焦点，不能简单地站在企业内部业务模块的角度来设计，必须围绕企业的核心竞争力用流程重组和信息技术的方式将企业内部的动态价值链衔接起来，达成企业的战略目标。根据企业流程优化整合出来的未来组织架构方案才能有助于提高管理效率，减少管理层次，设计出适合企业发展同时兼顾效率的扁平化架构。
所谓的实质导向是指，法律规定是设计公司架构时的外生变量，而非内生变量。良好的法律制度并不会限制商业决策的自由，相反却能保护股东及利益相关者的权益。在规划未来组织管控方向时应该以经营战略和企业价值创造的效率为主要原则，建立实质性的管理架构，最后将管理架构融入法律架构的框架中，保证实质和形式的一致性。
目前，在集团公司管控中存在的一个突出矛盾是总部组织架构问题。下属企业认为总部的管理人员没有经验不懂业务，胡乱指挥制造麻烦，所以总部应该削减部门裁撤人员；而集团总部则认为下属企业见树不见林，视近不视远，本位主义山头主义的一帮盲流，越不服管就越是要管，所以不但不能削弱更要进一步充实总部职能加强约束力量。
从战略型管控的角度而言，总部组织架构的设计应该满足“4权5务”的要求，所谓的“4权”是指，集团总部对集团下属单位行使选择经营者、责任追究、考评稽核和收益分配这四项管控权力；所谓的“5务”是指，集团总部对集团下属单位实施战略决策、计划预算、运营监控、资本运营和共享服务这五项管控事务。集团总部要细化“4权5务”，配备相关的管理职能，规范相关的管理流程，建立相关的管理制度，提高权威性和操作性，使管理部门、管理流程、管理规章、管理权力和管理责任到位。
上市情况下的总部组织架构有着两种基本的选择：一是集团公司控股上市股份公司和其他专业子公司；二是集团公司直接上市及控股专业子公司。这两种选择各有优劣和适用情景。
集团整体组织架构主要有着四种基本的形式：第一种形式是职能式的一元结构，简称U型架构（UnitaryStructure）；第二种形式是控股公司结构，简称H型架构（HoldingStructure）；第三种形式是多事业部结构，简称M型架构（MultidivisionalStructure）；第四种形式是矩阵制架构（MatrixStructure）。
集团整体组织架构的四种基本形式本身并无高下优劣之分，关键在于是否能够与集团公司自身的业务发展相吻合，是否能够为集团战略提供组织保证，是否能够为集团公司管控提供组织安排。
集团整体组织架构不是一成不变、陈陈相因的，而是处于一种动态变化的演进过程。从总的发展趋势看，集团整体组织架构正由金字塔式垂直结构向平行网络式结构转变，逐步地向“四化型”组织靠拢——有机化、扁平化、宽带化和并行化。
4．1U型结构（UnitaryStructure）
U型结构是一种高度集权的以职能为中心的组织结构，U型结构适用于规模较小、产品品种较少、生产连续性强和专业性强的企业集团，如矿业、能源、物流等。
U型结构有以下特点：
首先，组织架构划分为三个层次：决策层、职能（参谋）层和执行层（子公司或分公司）。
其次，决策层在职能层的支持下有包揽一切事务的倾向，完全奉行自上而下的管理。
再次，执行层权利较小，完全依赖决策层，在经营上没有自主权，在财务上没有独立性。
最后，组织架构的集权程度高，总部的战略决策可以在下属公司中得到贯彻执行，管理控制严格，组织效率高。
4．2H型结构（HoldingStructure）
H型结构就是母子公司结构，H型结构分权程度高，母公司专注于战略管理，而子公司负责具体产业的生产经营活动，具有较大的经营自主权，在财务上具有独立性。H型结构适用于规模较大、产业相关性不强的多元化控股公司。
H型母子公司结构是一个普遍采用的集团组织架构，因为其优点是相当之明确的：
首先，形成战略焦点。一般在集团公司的长期经营规划中对各种业务的发展都会有一个明确的政策指导，集团公司可以据此设立子公司来专门针对战略规划中那些需要重点发展的业务。单独设立的子公司不会受到非相关业务的影响，人、财、物等资源配置上的倾斜更加有利于这些重点业务的快速发展，从而巩固并强化集团公司在这一领域的竞争优势，保障战略重点的实现。
其次，规避经营风险。由于在法律结构上子公司属于独立的法人，依法独立地承担法律所规定的各种责任和义务，这将有效地把集团公司在经营上的风险限制在一定的范围内。因为母公司只是在其出资范围内对子公司承担风险，不会因为子公司在经营中的失误乃至失败而蒙受到更多损失，更不会侵害到集团公司其他业务部门的利益。
再次，顺畅融资渠道。由于集团企业的产权关系常常比较复杂，商业模式也很难一目了然，所以在进行资本市场融资特别是涉及到集团整体上市筹资时，会受到各种因素的限制而不能如愿。而集团企业按照法律法规设立子公司，可以直接满足公司融资的法律条件和市场条件，便于作为进行对外融资的窗口，另外在重组并购上也有类似的好处。
又次，创建品牌资产。集团企业子公司的独立经营常常会在其经营领域内形成新的品牌战略，作为独立企业的品牌资产的增加，最终将增加企业集团整体的品牌价值。
最后，获取优惠政策。有些国家或地区对于某些行业或企业的进入与经营存在着一些政策限制，同时也可能对于某些行业或企业的进入与经营提供一些优惠政策，为了能够顺利地避开政策限制，或者获取优惠政策，集团企业会考虑设立不同形式的子公司，甚至包括只用作记账及税务安排的子公司等。
凡具一利，必有一弊，H型母子公司结构在发挥优势的同时也可能带来以下问题：
首先，增加管控难度。母子公司在法人治理结构上的问题一直是处于悬而未决、缺乏定论的状态，如果不重视注重监督与治理建设，不能采用正确的组织架构形式，实施合理的管理控制流程，监管过紧势必造成官僚主义，引发子公司经营运作上的低效率；监管过松则会造成内部人控制，积累子公司经营上失误的隐患。
其次，增加管理成本。子公司作为独立的法人实体，必定需要建立并运行一整套内部运作与支持体系，包括行政、财务、人力资源、信息技术等职能模块以支持其正常的运作，这样一套体系所需要的成本是巨大的。在其母公司已经完全具备的条件下，重新设立这些功能模块对整个集团来说无疑是浪费了资源进行重复建设。因此必须考虑建立适当的共享机制，使得子公司可以共享母公司的支持服务功能，但母子公司在地域上的区隔、个别的特殊业务之间建立防火墙的要求、制定内部定价政策等因素会使得共享发生困难，共享机制的可能性就会大打折扣，变成口惠而实不至。
再次，形成利益冲突。作为独立的法人实体和利润中心，子公司的经营目的是子公司股东价值的最大化，如果母公司对子公司所拥有的股份没有达到100%比例也就是全资子公司的时候，母子公司的利益取向必然会发生一定程度上的背离，这种背离常常会引发母子公司矛盾，有时子公司追求自身利益最大化的行为可能会影响到母公司的整体利益。
又次，增加不确定性。虽然母公司会向子公司派驻一定的高层领导参与子公司的经营管理，但作为独立法人实体的子公司在高层管理决策中，从法律上来讲是独立于母公司的，这就会导致集团整体发展方向与子公司具体经营运作上出现了不一致的可能，同时也增大了企业的发展中无法预知的风险。
最后，造成文化差异。如果集团企业是与其他企业合资或者合作设立子公司，就会存在双方在企业文化上的差异，这种差异可能直接造成子公司员工没有归属感缺乏凝聚力，导致新设立的子公司在具体经营管理环节上的矛盾，更有甚者会直接导致子公司经营发展战略的不统一，最终使合作走向失败，子公司面临解体的困境。
4．3M型结构（MultidivisionalStructure）。
M型结构是U型结构和H型结构发展和演变的产物，是集权与分权管理相结合的产物，M型结构强调集团企业整体的协调功能和效应，适合于多元化控股公司。
M型结构有以下特点：
首先，M型结构具有三个层面:第一个层面是总部董事会和总裁班子，是最高决策层，主要职能为战略管理和交易协调；第二个层面由职能部门和支持服务部门组成，战略规划部门是这个层面的核心；第三个层面是围绕核心业务建立的子公司,这些互相依存又互相独立的子公司是在一个统一经营战略下承担产品管理的业务单位。
其次，M型结构是一种扁平网络式组织层次结构，集团与紧密层企业间形成“母——子”公司的组织层次，集团总公司内部及各子公司内部形成“总——分”公司的组织层次。
最后，子公司负责人,是受母公司委托管理部分资产和业务的代理人.而不是子公司自身利益的代表，这一点极大区别于母子公司架构。
4．4矩阵式结构（MatrixStructure）
矩阵式结构是职能制与母子公司制的变型，强调集团内部跨部门的协作以及总部的共享管理。
5、监控功能设置
组织架构的设置完成之后，就要考虑组织功能方面的设置了。组织功能设置要考虑组织管控的需要，要强化监控功能的设置。
监控功能设置的基础就是将功能作业配置到各机构和各岗位时要遵守不相容功能作业分离原则。
不相容功能作业分离原则要求：对功能进行风险分析，不相容的功能不能配置到同一部门，不相容的作业不能配置到同一岗位。
所谓的不相容功能是指当两项功能由一个部门来完成时，错误和舞弊的机会就会大大增加，例如采购和付款就是不相容功能，如果由一个部门来完成难保不发生上手其手损公肥私的情况出现，所以一般要由不同的部门来履行。
6、横向协调设置
上面谈得比较多的是纵向的组织管控，亦即基于指挥的管控方法，这部分将涉及横向的组织管控，亦即基于协调的管控方法，这就是横向协调设置。
横向协调设置有四种基本方式：制度性协调设置、结构性协调设置、人际关系协调设置和专业搭接协调设置。
6．1制度性协调设置
制度性协调设置不改变原有组织结构，也不增设机构和人员，只是改变组织运行的规则与形式，如工作流程、工作标准和工作方法的协调化。
6．2结构性协调设置
结构性协调设置是通过设立协调机构的方式进行横向协调工作。
6．3人际关系协调设置
在实际工作中由于人际关系因素对横向协调的效果有很大影响，所以需运用人际关系协调设置予以补充。
6．4.专业搭接协调设置
所谓专业搭接协调设置，就是在设计各功能单位的责任制时，对各项专业功能的结合及边界处，有意识地安排一些必要的重叠与交叉，以保证必要的协作与衔接。
实行专业搭接协调设置，是对传统的责任制的完善和改进。传统的单位和个人责任制，在指导思想上强调划清单位之间和个人之间的责权界限和分工交接点。但是由于单位之间的联系紧密而复杂，工作情况又经常变化和发展，因此在实践中责任制的责任往往划分不清，造成横向协调问题。